Hệ thống VNACCS/VCIS là Hệ thống thông quan tự động và Cơ chế một cửa quốc gia gồm 02 hệ thống nhỏ: (i) Hệ thống thông quan tự động (gọi tắt là Hệ thống VNACCS); (ii) Hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin nghiệp vụ (gọi tắt là Hệ thống VCIS). Hệ thống VNACCS/VCIS gồm các phần mềm chủ yếu: Khai báo điện tử (e-Declaration); Manifest điện tử (e-Manifest); Hóa đơn điện tử (e-Invoice); Thanh toán điện tử (e-Payment); C/O điện tử (e-C/O); Phân luồng (selectivity); Quản lý hồ sơ rủi ro/tiêu chí rủi ro; Quản lý doanh nghiệp xuất nhập khẩu; Thông quan và giải phóng hàng; Giám sát và kiểm soát.
Hệ thống VNACCS là hệ thống thông quan hàng hóa tự động của Việt Nam (Tên tiếng Anh là Viet Nam Automated Cargo Clearance System). Hệ thống VNACCS sử dụng cho mục đích thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu.
So với hệ thống hiện hành, Hệ thống VNACCS có điểm mới là tập trung cả 03 khâu: Khâu trước, trong và sau thông quan. Hệ thống hiện tại chỉ tập trung khâu trong và sau thông quan. Toàn bộ khâu trước thông quan hiện nay mới chỉ được thực hiện thí điểm trong khuôn khổ Dự án E-manifest, theo đó, hãng tàu phải gửi trước toàn bộ thông tin manifest về hàng hóa trên tàu cho cơ quan Hải quan.
So với hệ thống hiện hành, Hệ thống VNACCS mở rộng thêm các chức năng, thủ tục mới, đó là thủ tục đăng ký danh mục miễn thuế, thủ tục áp dụng chung cả hàng mậu dịch và phi mậu dịch, thủ tục đơn giản đối với hàng trị giá thấp, quản lý hàng hóa tạm nhập - tái xuất.
Chức năng khác của Hệ thống VNACCS là tăng cường kết nối với các Bộ, Ngành bằng cách áp dụng Cơ chế một cửa (Single Window). Theo thiết kế, Hệ thống VNACCS có sự kết nối với các Bộ, Ngành. Cơ quan Hải quan sẽ gửi thông tin liên quan đến việc xin cấp phép của các cơ quan chuyên ngành. Kết quả xử lý cấp phép sẽ được thực hiện thông qua Hệ thống.
Tiếp nhận và xử lý phân luồng tự động thông tin khai báo của doanh nghiệp. Hạn chế sử dụng hồ sơ giấy thông qua việc áp dụng chữ ký điện tử. Thời gian xử lý đối với hàng luồng xanh là 1 - 3 giây. Thời gian xử lý đối với luồng vàng và luồng đỏ phụ thuộc vào thời gian kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa.
Hệ thống VNACCS kết nối với nhiều hệ thống công nghệ thông tin của các bên liên quan như: doanh nghiệp kinh doanh kho bãi, cảng, dịch vụ, giao nhận, vận chuyển, ngân hàng, các Bộ, Ngành liên quan.
Về khai báo và xử lý thông tin khai báo trước thông quan: trước thông quan, hệ thống VNACCS hỗ trợ tập trung xử lý thông tin trước khi hàng đến/khai báo để phục vụ cho công tác kiểm tra, giám sát hải quan tại các khâu khai báo.
Một trong những nội dung thay đổi tương đối lớn của Hệ thống VNACCS liên quan đến hàng gia công, sản xuất xuất khẩu và chế xuất. Khi áp dụng Hệ thống VNACCS sẽ thực hiện theo hướng thanh khoản theo từng tờ khai, thực hiện quản lý theo từng phương tiện vận tải. Doanh nghiệp sẽ thực hiện tự khai, tự chịu trách nhiệm và tự thanh khoản. Cơ quan Hải quan chỉ kiểm tra trên cơ sở thông tin quản lý rủi ro đối với việc thanh khoản.
Về xác định trị giá, hiện tại, Việt Nam áp dụng 06 mẫu tờ khai trị giá tương ứng với 06 phương pháp xác định trị giá. Khi áp dụng Hệ thống VNACCS cho phép gộp một số chỉ tiêu của tờ khai trị giá theo phương pháp trị giá giao dịch vào tờ khai nhập khẩu. Do đó, về cơ bản, đối với phương pháp trị giá giao dịch không cần phải khai riêng tờ khai trị giá như hiện nay. Để đảm bảo việc thông quan hàng hóa nhanh chóng, những lô hàng có sự nghi vấn về giá sẽ chuyển sang khâu sau thông quan để xác định. Bộ phận nào xử lý việc này sẽ được cân nhắc cụ thể trước khi đưa hệ thống này đi vào vận hành.
Về giám sát, quản lý hải quan đối với một số loại hình: khi áp dụng Hệ thống VNACCS, hệ thống sẽ được thực hiện theo hướng đơn giản hóa, gom các quy trình thủ tục theo hướng chuyển cửa khẩu, chuyển cảng, quá cảnh,…về loại hình là hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát của hải quan vì bản chất là việc chuyển hàng hóa từ địa điểm này sang địa điểm khác, chịu sự giám sát của hải quan. Hiện tại chưa có loại hình đối với chuyển cảng. Vì vậy, căn cứ theo Công ước Kyoto sửa đổi và thực tiễn của Hải quan các nước, trong dự thảo Luật Hải quan sửa đổi, bổ sung có đưa nội dung này theo hướng doanh nghiệp vận tải chịu trách nhiệm cập nhật thông tin và phản hồi thông tin trên hệ thống về hàng hóa vận chuyển đang chịu sự giám sát của Hải quan tại điểm đi và điểm đến để phục vụ cho việc theo dõi, giám sát của hải quan.
Về chế độ quản lý của hải quan: Theo quy định hiện tại, hiện có khoảng trên 200 mã loại hình xuất khẩu, nhập khẩu. Để đảm bảo và tạo thuận lợi cho việc quản lý hải quan, thống kê và trên cơ sở khuyến nghị của Công ước Kyoto sửa đổi, Hệ thống VNACCS thực hiện chuẩn hóa các chế độ quản lý hải quan với khoảng 40 mã loại hình xuất khẩu, nhập khẩu. Bên cạnh đó, khi thực hiện Hệ thống VNACCS / VCIS sẽ không phân biệt loại hình mậu dịch và phi mậu dịch, sự khác nhau chủ yếu là về mặt chứng từ. Ngoài ra, một số loại hình đặc thù như hàng hóa mang vào, mang ra của cư dân biên giới, hàng an ninh quốc phòng, hàng trị giá thấp sẽ được thực hiện thủ công.
