Theo Cục Hải quan Đồng Nai, tại điểm c.8.2 khoản 5 Điều 112 Thông tư 128/2013/TT-BTC có quy định: “Trường hợp cơ quan Hải quan đã thu thuế nhập khẩu khi doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư từ nước ngoài vào Việt Nam và thu tiếp thuế nhập khẩu sản phẩm khi xuất nhập khẩu tại chỗ đối với doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ thì doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được xét hoàn lại thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư đã nộp sau khi doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đã nộp thuế nhập khẩu cho sản phẩm nhập khẩu tại chỗ (trừ điều kiện quy định tại điểm c.8.1.1 khoản này)”.

Bên cạnh đó, tại Khoản 7 Điều 117 tư 128/2013/TT-BTC có quy định: Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hoá bán cho thương nhân nước ngoài nhưng giao hàng hoá cho doanh nghiệp khác tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài để làm nguyên liệu tiếp tục sản xuất, gia công hàng hoá xuất khẩu; hồ sơ gồm: Tờ khai xuất khẩu - nhập khẩu tại chỗ đã làm thủ tục hải quan: nộp 1 bản chính; Tờ khai xuất khẩu-nhập khẩu tại chỗ chỉ có giá trị để xét hoàn thuế, không thu thuế nếu doanh nghiệp nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai theo loại hình sản xuất xuất khẩu (SXXK) hoặc gia công (GC) để tiếp tục sản xuất, gia công xuất khẩu ra nước ngoài”.

Theo quy định, trường hợp cơ quan Hải quan đã thu thuế NK khi DN NK nguyên liệu, vật tư từ nước ngoài vào Việt Nam và thu tiếp thuế NK sản phẩm khi XNK tại chỗ đối với DN NK tại chỗ (không phải loại hình nhập sản xuất, nhập gia công mà là loại hình nhập kinh doanh tại chỗ, xuất kinh doanh tại chỗ) thì DN NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa XK được xét hoàn lại thuế NK nguyên liệu, vật tư đã nộp sau khi DN NK tại chỗ đã nộp thuế NK cho sản phẩm NK tại chỗ.

Chính vì thế, Cục Hải quan Đồng Nai thắc mắc, hồ sơ hoàn thuế của DN NK nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng hóa XK được xét hoàn lại thuế NK nguyên liệu, vật tư đã nộp sau khi DN NK tại chỗ đã nộp thuế NK cho sản phẩm NK tại chỗ có phải đáp ứng theo Khoản 7 Điều 117 Thông tư 128 hay không?