Việc thành lập quỹ này đã được Đại hội đồng Cổ đông lần thứ nhất của FPT IS thông qua trong điều 44 – Trích lập Quỹ - Điều lệ Công ty Cổ phần Hệ thống Thông tin FPT.

Quỹ PT KHCN hoạt động nhằm thúc đẩy nghiên cứu các hướng kinh doanh mới của FPT IS; nghiên cứu công nghệ mới, sản phẩm mới và dịch vụ mới của các hãng nước ngoài phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của FPT IS; Xây dựng các ứng dụng phần mềm, sản phẩm mới , dịch vụ mới của FPT IS.
 
Nguồn vốn của Quỹ PT KH&CN được trích lập từ lợi nhuận trước thuế của FPT IS và các Công ty thành viên. Mức trích căn cứ vào tỷ lệ trích hàng năm do Ban Quản lý Quỹ– được HĐQT FPT IS ủy quyền - ấn định, tối đa không vượt quá 10% lợi nhuận trước thuế của FPT IS và từng Công ty thành viên. Mức trích căn cứ vào kế hoạch sử dụng quỹ được phê duyệt bởi Giám đốc quỹ FPT IS.