Áp dụng hệ thống VNACCS / VCIS vào khai hải quan dẫn tới sự thay đổi một số điều trong quy trình thủ tục hải quan, do vậy Nhà nước cũng đã ban hành các quy định liên quan về vấn đề này.

Thực hiện báo cáo thuế qua mạng cũng như kê khai hải quan điện tử VNACCS là nghĩa vụ của doanh nghiệp tham gia hoạt động sản xuất kinh doanh đối với Nhà nước. Hiện nay, hệ thống thông quan tự động VNACCS / VCIS đã được đưa vào vận hành và dần đang được thay thế cho hệ thông hải quan điện tử. Do hệ thống mới cần có một số thay đổi, Nhà nước cũng đã ban hành một số quy định liên quan đến quy trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử như sau:

Tại điều 17 về thông quan hàng hóa và điều 31 về giám sát hải quan đã quy định:

Hàng hóa thuộc diện được thông quan:

-         Hàng hóa thuộc luồng xanh:   

+ Là hàng hóa xuất khẩu: Doanh nghiệp in tờ khai hàng hóa xuất khẩu mà không cần Cơ quan Hải quan xác nhận.

+ Là hàng hóa nhập khẩu: Cán bộ hải quan thực hiện kiểm tra, xác nhận, đóng dấu, ký tên lên tờ khai hàng hóa nhập khẩu, sau đó chuyển lại cho người thực hiện kê khai tiếp tục làm các thủ tục tiếp theo.

-         Hàng hóa thuộc luồng vàng, luồng đỏ: Cán bộ hải quan kiểm tra, ký tên, đóng dấu lên tờ khai hải quan xuất khẩu hoặc tờ khai hải quan nhập khẩu. Tiếp đó, giao lại cho người thực hiện kê khai tiếp tục làm thủ tục tiếp theo.

Hàng hóa thuộc diện đưa về bảo quản: Cán bộ hải quan thực hiện kiểm tra, ký tên, đóng dấu lên tờ khai hàng hóa và giao lại cho người thực hiện kê khai.

Hệ thống VNACCS / VCIS tuy còn mới và phải thay đổi nhiều điểm trong quy trình và thủ tục nhưng nhìn chung, hệ thống với khả năng tự động hóa cao đã mang đến cho ngành Hải quan Việt Nam những bước tiến mới, giúp doanh nghiệp chủ động và tiết kiệm chi phí, thời gian; giúp Cơ quan hải quan giảm áp lực và quy trình được công khai, minh bạch, đảm bảo tính công bằng.

Đáp ứng nhu cầu của doanh nghiệp trong việc đơn giản hóa, chuyên nghiệp hóa trong nghiệp vụ khai hải quan theo quy định mới này, trên thị trường hiện đã xuất hiện rất nhiều nhà cung cấp dịch vụ C-Van. Cũng theo quy định mới, người dùng hiện bắt buộc sử dụng chữ ký số đăng ký với Cơ quan Hải Quan để thực hiện khai hải quan điện tử.

Hiện có 9 công ty được Bộ Thông Tin và Truyền Thông cấp phép phát triển và cung cấp chữ ký số cho doanh nghiệp và 5 công ty được công nhận hợp chuẩn bởi Tổng Cục Hải Quan về phần mềm khai Hải quan điện tử. Tuy nhiên, đồng thời được công nhận bởi cả hai cơ quan này chỉ có 2 công ty, trong đó có FPT. Đây cũng là 2 trong số các dịch vụ chính mà Dịch Vụ Điện Tử FPT đang cung cấp, bên cạnh Thuế điện tử và các dịch vụ liên quan khác. Ngoài ra, FPT.CA còn là chữ ký số duy nhất tại Việt Nam đạt mức bảo mật cao nhất cho thiết bị theo tiêu chuẩn FIPS 140-2, được công nhận bởi chính phủ Mỹ và Canada. Thiết bị bảo mật chữ ký số, USB token của FPT.CA được bảo hành trọn đời.

Để có thể thông tin chi tiết về khai hải quan VNACCS và đăng ký chữ ký số của FPT, quý khách hàng vui lòng liên hệ hotlne: 1900 6625 hoặc truy cập website: www.dichvudientu.fpt.com.vn