Khai báo thuế qua mạng là hình thức giao dịch điện tử giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế, một trong những hình thức giao dịch được pháp luật về thuế quy định, đây là hình thức giao dịch văn minh hiện đại, tạo nhiều thuận lợi và tiện ích cho doanh nghiệp cũng như cơ quan thuế.
        Tuy vậy trong thực tế việc khai báo thuế qua mạng có không ít những doanh nghiệp vẫn còn gặp vướng mắc. Sau đây là một số những lưu ý thường gặp để giúp các doanh nghiệp nắm rõ hơn và tránh được những sai sót khi kê khai:

1. Chưa đăng ký loại tờ khai thuế qua mạng với cơ quan thuế: Trong quá trình khai báo thuế qua mạng lần đầu, Người nộp thuế (NNT) cần phải đăng ký với cơ quan thuế về các loại tờ khai nộp qua Internet của doanh nghiệp. Có như vậy khi nộp tờ khai mới thực hiện được. NNT vào mục Tài khoản và chọn mục Đăng ký tờ khai.
2. Đăng ký tờ khai bổ sung sai quy cách: khiKhi chưa có Tờ khai chính thức thì hệ thống sẽ không nhận Tờ khai bổ sung. NNT lưu ý thời điểm đơn vị mình thực hiện khai báo thuế qua mạng là thời điểm nào? Từ kỳ kê khai nào? Nếu nộp Tờ khai bổ sung của kỳ kê khai trước thời điểm kê khai qua mạng thì hệ thống sẽ ko nhận được Tờ khai này do chưa tồn tại Tờ khai chính thức (mặc dù tờ khai chính thức đã được gửi tới cơ quan thuế bằng bản giấy). Trường hợp này NNT cần đăng ký lại kỳ kê khai về tháng có tờ khai gốc cần bổ sung. 
3. Đăng ký sai cơ quan thuế quản lý: trường hợp này xảy ra khi đăng ký trên HTKK, NNT đăng ký sai cơ quan thuế quản lý, ví dụ cơ quan thuế quản lý là Cục thuế tỉnh Vĩnh Phúc nhưng đăng ký là Chi cục thuế TP Vĩnh Yên, như vậy khi gửi tờ khai lên mặc dù đã nhận được thông báo gửi tờ khai thành công nhưng tờ khai sẽ không vào được hệ thống của CQT do sai cơ quan quản lý. DN cần phải đăng ký lại cơ quan thuế quản lý trên HTKK thuế đồng thời gửi lại tờ khai thuế đó.
4. Không cập nhật kịp thời các phiên bản khai báo thuế qua mạng nâng cấp:NNT sử dụng phần mềm Hỗ trợ kê khai phiên bản cũ, NNT không cập nhật kịp thời các phiên bản đã nâng cấp mới của HTKK, vì vậy khi gửi tờ khai sẽ ở trạng thái Mã Vạch lỗi và không nhận được vào hệ thống của CQT. DN nâng cấp HTKK theo phiên bản mới nhất, kiết xuất và gửi lại tờ khai thuế đó.
5. Thời hạn và số lần gửi tờ khai: Lưu ý tiếp theo là không giới hạn số lần gửi tờ khai, khi doanh nghiệp kê khai sai và vẫn còn hạn nộp tờ khai doanh nghiệp có thể gửi tờ khai thay thế với số lần gửi không hạn chế trước 24h của ngày cuối cùng nộp tờ khai vẫn không tính phạt nộp chậm. Nhưng hết thời hạn nộp tờ khai, khi muốn thay đổi thông tin NNT phải chọn trạng thái tờ khai là bổ sung, khi đó tờ khai mới được chấp nhận và cập nhật vào hệ thống của CQT.

Chúc các doanh nghiệp khai báo thuế qua mạng thành công!